Η πρώτη φορά, που ο «σύγχρονος» Ατρόμητος-ως… μετεξέλιξη της Χαλκηδόνας-επανεμφανίστηκε στη μεγάλη κατηγορία, ήταν τη σεζόν 2005-006.
Ο αγώνας με τον ΠΑΟΚ στην Τούμπα-κεκλεισμένων των θυρών-είχε διεξαχθεί στις 10 Σεπτεμβρίου 2005. Ο Δικέφαλος προηγήθηκε με 2-0 με τα γκολ των Μίετσελ και Σαλπιγγίδη, αλλά τελικά έμεινε στο 2-2 (αυτογκόλ του Ουντέζε στο 89΄), κι αφού από το 63΄ έπαιζε με δέκα παίκτες εξαιτίας αποβολής του Καρυπίδη.
Εκείνο, μάλιστα, το αποτέλεσμα επιτάχυνε την έξοδο από τον πάγκο του Νίκου Καραγεωργίου. Ο τελευταίος, πέντε ημέρες αργότερα, υπέβαλλε την παραίτηση του, κι αφού είχε μεσολαβήσει και το εντός έδρας 1-1 με τη Μέταλουργκ για το κύπελλο ΟΥΕΦΑ.
